該所主要有生物化學(xué)及分子生物學(xué)、流行病學(xué)、化學(xué)致癌、以及生化與分子診斷、實驗動物研究室等。1985年經(jīng)國家計委批準(zhǔn)在生物化學(xué)及分子生物學(xué)研究室的基礎(chǔ)上,建立癌基因及相關(guān)基因國家重點實驗室。
研究所的方向和任務(wù)主要是惡性腫瘤的流行病學(xué)與病因?qū)W的研究,腫瘤發(fā)病機理的探索以及發(fā)展基因診斷和基因治療,細(xì)胞及免疫學(xué)診斷和治療等生物高科技研究,探索腫瘤防治的新途徑。各研究室擁有一批先進(jìn)的科學(xué)儀器設(shè)備。癌基因與相關(guān)基因國家重點實驗室的主攻方向是腫瘤及細(xì)胞生長相關(guān)的人功能基因組學(xué)研究及基因治療研究。1996年由國家科委與上海市科委共建基因治療研究中試上?;?。先后與市臨床單位、中國科學(xué)院生物工程研究中心、復(fù)旦大學(xué)、肝癌高發(fā)現(xiàn)場啟東肝癌研究所等建立了合作網(wǎng)絡(luò)。1980-2015年為世界衛(wèi)生組織癌癥研究合作中心之一。2003年經(jīng)教育部批準(zhǔn)由原上海市衛(wèi)生局與上海市交通大學(xué)共建上海交通大學(xué)腫瘤研究所。2010年,原上海市衛(wèi)生局和上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院共建腫瘤所,腫瘤所和上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬仁濟(jì)醫(yī)院實行“院所合一”。